Палиндроми

 

Палиндромът е последователност от букви и / или думи, които се четат по един и същи начин отпред и отзад.
Палиндромите също така се срещат и в ДНК.
Съществуват два вида:
1. Палиндроми, които се случват в противоположно направление на един и същи участък на ДНК спиралата.
5' GGCC 3'
3' CCGG 5'
Този тип палиндром служи като цел за най-голяма рестрикция на ензимите.
Графиката показва палиндромни последователности "видени" от пет ограничени ензима (в синьо), които обикновено се използват при работата на рекомбинантната ДНК.
2. Обърнати повторения
В тези случаи, два различни сегмента на двойната спирала се четат по един и същи начин, но в противоположна посока.
5' AGAACAnnnTGTTCT 3'
3' TCTTGTnnnACAAGA 5'
Обърнати повторения често се срещат при:
- ДНК, която се свързва с транскрипционни фактори.
- ДНК последователност, показана по-горе, като елемент на отговор на всеки глюкокортикостероид, където N представлява всеки нуклеотид. 
Графиката показва "разпозната спирала", при която САР протеина (хомодимер) се свързва в lac operon на бактерията ешерихия коли.
ДНК-то на много транспозони е оградено от обърнати повторения като тези:
5' GGCCAGTCACAATGG..~400 nt..CCATTGTGACTGGCC 3'
3' CCGGTCAGTGTTACC..~400 nt..GGTAACACTGACCGG 5'
Обърнатите повторения в двата края на антиретровирусните генни последователности помагат за въвеждането на ДНК копие в ДНК-то на гостоприемника.
Човешката Y- хромозома съдържа 7 набора от гени - всеки комплект, съдържащ 2-6 почти еднакви гена - ориентирани гръб към гръб или глава към глава, тоест, те са обърнати повторения като частта показана тук. (тиретата представляват хиляди базови двойки, които отделят съседни палиндроми).
5' ...CACAATTCCCATGGGTTGTGGGAG 3' ----------- 5' CTCCCACAACCCATGGGATTTGTG... 3'
3' ...GTGTTAAGGGTACCCAACACCCTC 5' ----------- 3' GAGGGTGTTGGGTACCCTAAACAC... 5'